Està formada per 11 equips que investiguen els mecanismes de resposta a les agressions biològiques des de múltiples punts de vista. L'activitat d'aquesta àrea és molt diversa, encara que té dos vessants principals. D'una banda, l'estudi dels agents infecciosos i tòxics, i per l'altra, les reaccions immunològiques i inflamatòries de l'organisme. Entre d'altres temes d'interès general, aquí és on s'atenen problemes tan importants com les malalties retrovirals (sida) i la immunologia dels trasplantaments. Però la varietat temàtica de les seves línies d'investigació també contempla aspectes com l'expressió gènica, l'epidemiologia, les malalties auto-immunes i les tècniques analítiques d'espectrometria de masses. L'àrea d'Agressió biològica i mecanismes de resposta destaca per la seva capacitat d'atraure inversions, tant públiques com privades, i per la seva producció científica creixent.

Formada també per 10 equips, aquesta àrea se centra en l'estudi de tres parts vitals de l'organisme: l'aparell respiratori, el cardiovascular i el renal. Atén les diferents patologies i riscs que afecten aquests sistemes. La meitat dels equips es reparteixen entre l'estudi de la hipertensió arterial, les malalties coronàries i l'electrofisiologia; els lípids com a factor de risc cardiovascular; i les malalties nefro-urològiques i el trasplantament de ronyó. Els cinc equips restants estan integrats a la Xarxa Respira, en què col·laboren un gran nombre de centres estatals. Els seus programes d'investigació abasten la inflamació i la reparació en les vies respiratòries, les bases moleculars de les infeccions respiratòries, la biopatologia del càncer de pulmó, els trastorns respiratoris del somni i la insuficiència respiratòria. La producció científica de l'Àrea 2 està avalada per un elevat factor d'impacte.

Amb un total de 14 equips, l'Àrea 3 està formada per investigadors que combinen les seves habilitats en la investigació clínica, experimental i bàsica. La investigació translacional que impulsa l'IDIBAPS queda manifesta en aquesta cooperació interdisciplinària. L'objectiu dels diferents equips que conformen aquesta àrea és aplicar metodologies innovadores a diferents problemes mèdics: la cirrosi i les complicacions hepàtiques (8 equips), les malalties del tracte digestiu (2 equips) i els trastorns metabòlics en diabetis experimental, patologia metabòlica òssia i medicina fetal (4 equips). L'àrea de Fetge, sistema digestiu i metabolisme és una de les més productives, amb nombroses publicacions situades en el primer quartil del Science Citation Index. També ha demostrat ser una de les més competitives atraient inversions privades, així com ajudes públiques.

Aquesta és l'àrea de l'IDIBAPS especialitzada en l'estudi de les malalties neurològiques i psiquiàtriques. Amb una fluida col·laboració entre l'àmbit experimental i el clínic, els seus 13 equips abracen des de l'estudi de la relació estructura/funció del sistema nerviós i els seus mecanismes moleculars bàsics de neurotransmissió i mort cel·lular, fins al desenvolupament i l'avaluació de noves teràpies experimentals. Algunes de les patologies que s'investiguen són les malalties neurodegeneratives i auto-immunes del sistema nerviós, i les alteracions psiquiàtriques severes. Els diferents equips es complementen ajuntant objectius, tècniques i know-how. Les inversions públiques i privades, així com la seva producció científica, són una demostració del seu elevat potencial humà i tècnic

Els 11 equips que formen aquesta àrea realitzen tasques d'investigació bàsica, experimental i clínica en els àmbits de l'oncologia i l'hematologia. Així pretenen millorar la prevenció, el pronòstic i el tractament d'un grup de malalties cada vegada més freqüents en la nostra societat: els processos cancerosos. Les línies d'investigació dels diferents equips dedicats a l'oncologia se centren en els mecanismes moleculars implicats en la proliferació i la mort programada de les cèl·lules, a desenvolupar models neoplàsics i a millorar el diagnòstic de malalts de càncer amb nous marcadors tumorals. D'altra banda, els equips relacionats amb la hematooncologia estudien les diferents eritropatologies i els trastorns de l'hemostàsia i la coagulació de la sang. Les nombroses col·laboracions nacionals i internacionals que s'han impulsat des d'aquesta àrea, juntament amb l'elevat nombre d'articles originals que ha generat, demostren que l'oncologia i l'hematologia són temes d'actualitat dins del món de la biomedicina.