El modelo asistencial del hospital ha sido diseñado a través del Proyecto Prisma. Plantea la asistencia personalizada, la gestión descentralizada en institutos y centros y el modelo de gestión clínica, con responsabilidad creciente de los profesionales sanitarios en la gestión de los recursos.

El Hospital Clínic de Barcelona está actualmente dividido en Institut Clínic de Enfermedades Cardiovasculares; de Enfermedades Digestivas y Metabolismo; de Medicina Interna y Dermatología; de Enfermedades del Sistema Nervioso; de Ginecología, Obstetricia y Neonatología; de Especialidades Médicas y Quirúrgicas; de Enfermedades Hematológicas y Oncológicas; de Nefrología y Urología; de Neumología y Cirugía Torácica; de Psiquiatría y Psicología; y de Oftalmología. Además cuenta también con el Centro de Diagnóstico por la Imagen Clínic y el Centro de Diagnóstico Biomédico Clínic.

En el último ejercicio, de un total de 839 camas disponibles para hospitalización, se generaron 46.274 altas, 18.785 intervenciones quirúrgicas, y 410 trasplantes. En actividad ambulatoria se realizaron 97.973 primeras visitas, 161.816 urgencias y 85.384 de hospital de día.