La recerca és una part molt important de l'activitat de l'ICMDM. L'activitat investigadora dels membres de l'ICMDM es duu a terme dins de l'Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS). L'ICMDM està integrat en l'àrea 3 de l'IDIBAPS denominada Fetge, Aparell Digestiu i Metabolisme i disposa de 9 equips consolidats:

• Hepatitis vírica en l’hoste immunocompetent i en el trasplantat hepàtic
• Fisiopatologia i tractament de l'ascitis i trastorns de la funció renal en la cirrosi.
• Oncologia hepàtica
• Hemodinàmica hepàtica i hipertensió portal
• Fisiopatologia de les lesions gastrointestinals
• Regulació mitocondrial de la mort cel·lular i esteatohepatitis
• Trasplantament del fetge i viabilitat de l'empelt
• Investigació en Hepatologia clínica
• Gastroenterologia clínica i experimental
• Diabetis experimental. Investigació cel·lular i molecular en models de diabetis experimental.

Els membres de l'ICMDM tenen una tradició ben llarga i reconeguda en recerca, i en els darrers anys la seva producció científica ha representat el 47% de tota la producció espanyola en hepatologia i gastroenterologia. Des de la constitució de l'ICMDM, els seus membres porten publicant una mitjana de 80 articles originals per any en revistes d’alt factor d'impacte i aconsegueixen al voltant de 4 milions d'euros per any en fonts públiques i privades en competència amb altres centres de recerca. Uns 130 titulats superiors (metges, biòlegs, químics, farmacèutics) col·laboren com a personal de recerca contractat, becaris o tècnics en projectes de recerca de l'ICMDM finançats per agències oficials autonòmiques o estatals o pel propi IDIBAPS.

La Direcció i Gerència del “Centro de Investigación Biomédica en Red en Hepatologia y Digestivo” (Ciberehd) es troba a l’Hospital Clínic. Vuit dels seus grups d’investigació pertanyen  a l’ICMDiM. La Coordinació de la “Red de Diabetes y Enfermedades Metabólicas” (REDIMET) també es realitza des de l’Hospital Clínic.